Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
SCN3AQ9NY46 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 TUSC1-201ENST00000358022 2052 ntAPPRIS P1 BASIC25.81■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
SCN3AQ9NY46 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
SCN3AQ9NY46 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 MAFA-201ENST00000333480 2347 ntAPPRIS P1 BASIC25.64■■□□□ 1.7
SCN3AQ9NY46 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
SCN3AQ9NY46 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
SCN3AQ9NY46 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
SCN3AQ9NY46 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN3AQ9NY46 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN3AQ9NY46 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
SCN3AQ9NY46 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN3AQ9NY46 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
SCN3AQ9NY46 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC25.55■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 MXD3-203ENST00000439742 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
SCN3AQ9NY46 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.48■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC25.47■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
SCN3AQ9NY46 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
SCN3AQ9NY46 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms