Protein–RNA interactions for Protein: Q86TS7

LINC00643, Putative UPF0730 protein encoded by LINC00643, humanhuman

Predictions only

Length 51 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LINC00643Q86TS7 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC17.29■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.28■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC17.27■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC17.27■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.36
LINC00643Q86TS7 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.27■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.26■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.26■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.25■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 AEBP2-204ENST00000398864 5099 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.24■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC17.23■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
LINC00643Q86TS7 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 RDX-206ENST00000528900 1814 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 SNTG2-201ENST00000308624 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 NT5DC2-203ENST00000459839 1639 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 ECHS1-201ENST00000368547 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.17■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.16■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
LINC00643Q86TS7 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 ATRNL1-207ENST00000527407 1583 ntTSL 5 BASIC17.1■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
LINC00643Q86TS7 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 PWWP2B-202ENST00000631148 2013 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
LINC00643Q86TS7 NT5DC2-202ENST00000422318 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.31
LINC00643Q86TS7 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC17.01■□□□□ 0.31
LINC00643Q86TS7 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.01■□□□□ 0.31
LINC00643Q86TS7 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00643Q86TS7 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00643Q86TS7 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17■□□□□ 0.31
LINC00643Q86TS7 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00643Q86TS7 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00643Q86TS7 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.99■□□□□ 0.31
LINC00643Q86TS7 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.99■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms