Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 AC006077.2-201ENST00000623591 457 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
SCN1BQ07699 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 ALYREF-202ENST00000505490 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 SYNGR1-202ENST00000318801 1361 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 PRELID2-202ENST00000394450 1102 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
SCN1BQ07699 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 ZNRF2P1-201ENST00000441407 443 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
SCN1BQ07699 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
SCN1BQ07699 FGF2-203ENST00000614010 867 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC23.69■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 AC079848.1-201ENST00000511301 327 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SCN1BQ07699 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 LINC01578-201ENST00000553829 732 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SCN1BQ07699 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 WHRN-203ENST00000374057 1718 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SCN1BQ07699 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.7 ms