Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 ABL1-201ENST00000318560 5766 ntTSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC23.02■■□□□ 1.28
HOXA4Q00056 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXA4Q00056 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
HOXA4Q00056 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
HOXA4Q00056 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
HOXA4Q00056 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXA4Q00056 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
HOXA4Q00056 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXA4Q00056 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
HOXA4Q00056 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 ST7-205ENST00000393446 2114 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
HOXA4Q00056 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
HOXA4Q00056 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
HOXA4Q00056 KLHL35-204ENST00000539798 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXA4Q00056 ACTR3B-202ENST00000377776 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
HOXA4Q00056 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
HOXA4Q00056 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
HOXA4Q00056 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXA4Q00056 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
HOXA4Q00056 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC22.82■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 SSBP4-202ENST00000348495 1721 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 AL161658.1-201ENST00000623641 1967 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 ABHD12-201ENST00000339157 2117 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
HOXA4Q00056 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 UCK1-201ENST00000372208 2063 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 ABHD17A-201ENST00000250974 1630 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
HOXA4Q00056 MSX1-201ENST00000382723 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 FADS3-201ENST00000278829 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 GALK1-205ENST00000588479 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 TCEA2-204ENST00000395053 1733 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
HOXA4Q00056 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXA4Q00056 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
HOXA4Q00056 KCNQ5-204ENST00000370392 1469 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
HOXA4Q00056 PCYT2-206ENST00000571105 1628 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
HOXA4Q00056 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXA4Q00056 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
HOXA4Q00056 SLC9A3R2-202ENST00000432365 1564 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
HOXA4Q00056 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXA4Q00056 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXA4Q00056 HOXD8-201ENST00000313173 1917 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
HOXA4Q00056 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
HOXA4Q00056 HES7-202ENST00000541682 1674 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms