Protein–RNA interactions for Protein: P30408

TM4SF1, Transmembrane 4 L6 family member 1, humanhuman

Predictions only

Length 202 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TM4SF1P30408 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC34.83■■■■□ 3.17
TM4SF1P30408 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC34.81■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.81■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.8■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC34.79■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 SFRP5-201ENST00000266066 1836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 HGH1-207ENST00000628266 258 ntTSL 5 BASIC34.79■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.79■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.79■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC34.78■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.77■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC34.76■■■■□ 3.16
TM4SF1P30408 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
TM4SF1P30408 SSU72-201ENST00000291386 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
TM4SF1P30408 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC34.75■■■■□ 3.15
TM4SF1P30408 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
TM4SF1P30408 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC34.71■■■■□ 3.15
TM4SF1P30408 TCEA2-202ENST00000343484 1235 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.71■■■■□ 3.15
TM4SF1P30408 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC34.68■■■■□ 3.14
TM4SF1P30408 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC34.68■■■■□ 3.14
TM4SF1P30408 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
TM4SF1P30408 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.65■■■■□ 3.14
TM4SF1P30408 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 PPP1R14B-201ENST00000309318 982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.62■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.61■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC34.6■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 REPIN1-204ENST00000466559 1022 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
TM4SF1P30408 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
TM4SF1P30408 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC34.55■■■■□ 3.12
TM4SF1P30408 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC34.55■■■■□ 3.12
TM4SF1P30408 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC34.54■■■■□ 3.12
TM4SF1P30408 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
TM4SF1P30408 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
TM4SF1P30408 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
TM4SF1P30408 NREP-216ENST00000508870 540 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC34.51■■■■□ 3.12
TM4SF1P30408 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC34.5■■■■□ 3.11
TM4SF1P30408 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC34.5■■■■□ 3.11
TM4SF1P30408 MAD2L2-205ENST00000376669 864 ntTSL 3 BASIC34.49■■■■□ 3.11
TM4SF1P30408 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
TM4SF1P30408 MFAP2-202ENST00000375535 1260 ntTSL 1 (best) BASIC34.48■■■■□ 3.11
TM4SF1P30408 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
TM4SF1P30408 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
TM4SF1P30408 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC34.45■■■■□ 3.11
TM4SF1P30408 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC34.45■■■■□ 3.11
TM4SF1P30408 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC34.44■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.42■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.42■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC34.42■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC34.4■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC34.4■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC34.39■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.39■■■■□ 3.1
TM4SF1P30408 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
TM4SF1P30408 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.36■■■■□ 3.09
TM4SF1P30408 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC34.36■■■■□ 3.09
TM4SF1P30408 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC34.35■■■■□ 3.09
TM4SF1P30408 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC34.33■■■■□ 3.09
TM4SF1P30408 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC34.33■■■■□ 3.09
TM4SF1P30408 RNF150-204ENST00000507500 1530 ntTSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
TM4SF1P30408 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.31■■■■□ 3.08
TM4SF1P30408 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC34.3■■■■□ 3.08
TM4SF1P30408 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
TM4SF1P30408 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC34.28■■■■□ 3.08
TM4SF1P30408 HDAC3-201ENST00000305264 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
TM4SF1P30408 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC34.26■■■■□ 3.08
TM4SF1P30408 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC34.26■■■■□ 3.08
TM4SF1P30408 MIR6090-201ENST00000622481 60 ntBASIC34.25■■■■□ 3.07
TM4SF1P30408 CGREF1-202ENST00000312734 1610 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.25■■■■□ 3.07
TM4SF1P30408 RCE1-201ENST00000309657 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
TM4SF1P30408 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
TM4SF1P30408 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC34.22■■■■□ 3.07
TM4SF1P30408 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC34.22■■■■□ 3.07
TM4SF1P30408 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
TM4SF1P30408 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
TM4SF1P30408 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC34.21■■■■□ 3.07
TM4SF1P30408 AC108673.1-201ENST00000510422 1159 ntBASIC34.19■■■■□ 3.06
TM4SF1P30408 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
TM4SF1P30408 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.18■■■■□ 3.06
TM4SF1P30408 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.18■■■■□ 3.06
TM4SF1P30408 CGREF1-204ENST00000402550 1575 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
TM4SF1P30408 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
TM4SF1P30408 UBE2S-203ENST00000589978 496 ntTSL 5 BASIC34.15■■■■□ 3.06
TM4SF1P30408 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC34.13■■■■□ 3.05
TM4SF1P30408 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC34.13■■■■□ 3.05
TM4SF1P30408 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
TM4SF1P30408 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
TM4SF1P30408 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC34.12■■■■□ 3.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72 ms