Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
VIMP08670 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VIMP08670 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VIMP08670 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VIMP08670 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
VIMP08670 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.96
VIMP08670 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VIMP08670 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VIMP08670 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VIMP08670 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VIMP08670 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VIMP08670 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
VIMP08670 CHCHD4-202ENST00000396914 1405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
VIMP08670 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
VIMP08670 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC27.2■■□□□ 1.94
VIMP08670 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
VIMP08670 ANKRD65-203ENST00000454272 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
VIMP08670 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
VIMP08670 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VIMP08670 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
VIMP08670 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
VIMP08670 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VIMP08670 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
VIMP08670 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VIMP08670 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VIMP08670 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
VIMP08670 INO80B-203ENST00000409917 796 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VIMP08670 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VIMP08670 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
VIMP08670 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VIMP08670 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VIMP08670 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VIMP08670 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VIMP08670 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VIMP08670 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VIMP08670 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VIMP08670 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VIMP08670 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VIMP08670 AL357033.3-201ENST00000620143 614 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
VIMP08670 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
VIMP08670 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VIMP08670 AC015813.7-201ENST00000623294 581 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
VIMP08670 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VIMP08670 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VIMP08670 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VIMP08670 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
VIMP08670 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VIMP08670 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VIMP08670 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
VIMP08670 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
VIMP08670 GALR3-201ENST00000249041 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
VIMP08670 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VIMP08670 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VIMP08670 FTCD-202ENST00000397743 1834 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VIMP08670 CPNE1-203ENST00000397442 1695 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VIMP08670 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VIMP08670 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.96■■□□□ 1.91
VIMP08670 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
VIMP08670 PI4KAP1-202ENST00000611748 1906 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
VIMP08670 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
VIMP08670 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC26.94■■□□□ 1.9
VIMP08670 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
VIMP08670 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC26.93■■□□□ 1.9
VIMP08670 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
VIMP08670 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.92■■□□□ 1.9
VIMP08670 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VIMP08670 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VIMP08670 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VIMP08670 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
VIMP08670 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
VIMP08670 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
VIMP08670 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
VIMP08670 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VIMP08670 SPIRE1-203ENST00000410092 5533 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.86■■□□□ 1.89
VIMP08670 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.86■■□□□ 1.89
VIMP08670 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VIMP08670 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
VIMP08670 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
VIMP08670 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VIMP08670 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
VIMP08670 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VIMP08670 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
VIMP08670 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
VIMP08670 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VIMP08670 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VIMP08670 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VIMP08670 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VIMP08670 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VIMP08670 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
VIMP08670 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VIMP08670 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VIMP08670 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
VIMP08670 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
VIMP08670 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VIMP08670 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VIMP08670 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VIMP08670 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
VIMP08670 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.88
VIMP08670 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
VIMP08670 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.8 ms