Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 PAXBP1-201ENST00000290178 2564 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
SDC1P18827 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
SDC1P18827 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 PFKFB4-202ENST00000383734 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC21.11■□□□□ 0.97
SDC1P18827 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC21.1■□□□□ 0.97
SDC1P18827 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 NOTUM-201ENST00000409678 2329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.09■□□□□ 0.97
SDC1P18827 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 NAA30-202ENST00000554703 795 ntTSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.97
SDC1P18827 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SDC1P18827 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SDC1P18827 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SDC1P18827 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SDC1P18827 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SDC1P18827 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC21.08■□□□□ 0.96
SDC1P18827 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SDC1P18827 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.08■□□□□ 0.96
SDC1P18827 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC21.07■□□□□ 0.96
SDC1P18827 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SDC1P18827 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SDC1P18827 SPPL2B-211ENST00000614794 1559 ntTSL 1 (best) BASIC21.06■□□□□ 0.96
SDC1P18827 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.06■□□□□ 0.96
SDC1P18827 NAE1-204ENST00000394074 1654 ntTSL 5 BASIC21.06■□□□□ 0.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.8 ms