Protein–RNA interactions for Protein: P02462

COL4A1, Collagen alpha-1(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A1P02462 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.87■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC34.86■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.86■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC34.86■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC34.85■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC34.85■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 GRK2-204ENST00000526285 1458 ntTSL 5 BASIC34.85■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.85■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC34.84■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.84■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 ANXA5-201ENST00000296511 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.83■■■■□ 3.17
COL4A1P02462 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.82■■■■□ 3.16
COL4A1P02462 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC34.82■■■■□ 3.16
COL4A1P02462 ADRA2C-201ENST00000330055 2129 ntAPPRIS P1 BASIC34.81■■■■□ 3.16
COL4A1P02462 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.8■■■■□ 3.16
COL4A1P02462 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.8■■■■□ 3.16
COL4A1P02462 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC34.8■■■■□ 3.16
COL4A1P02462 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.78■■■■□ 3.16
COL4A1P02462 B4GALT7-201ENST00000029410 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.78■■■■□ 3.16
COL4A1P02462 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.76■■■■□ 3.15
COL4A1P02462 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.74■■■■□ 3.15
COL4A1P02462 ACOT7-209ENST00000545482 1804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
COL4A1P02462 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC34.73■■■■□ 3.15
COL4A1P02462 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.72■■■■□ 3.15
COL4A1P02462 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.15
COL4A1P02462 CYP26C1-201ENST00000285949 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.68■■■■□ 3.14
COL4A1P02462 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
COL4A1P02462 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC34.67■■■■□ 3.14
COL4A1P02462 CSNK1E-205ENST00000405675 2127 ntTSL 5 BASIC34.65■■■■□ 3.14
COL4A1P02462 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
COL4A1P02462 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
COL4A1P02462 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
COL4A1P02462 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC34.61■■■■□ 3.13
COL4A1P02462 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
COL4A1P02462 AKR1E2-201ENST00000298375 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
COL4A1P02462 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC34.55■■■■□ 3.12
COL4A1P02462 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
COL4A1P02462 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC34.5■■■■□ 3.11
COL4A1P02462 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.49■■■■□ 3.11
COL4A1P02462 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL4A1P02462 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL4A1P02462 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL4A1P02462 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL4A1P02462 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.47■■■■□ 3.11
COL4A1P02462 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL4A1P02462 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
COL4A1P02462 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL4A1P02462 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC34.43■■■■□ 3.1
COL4A1P02462 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC34.38■■■■□ 3.09
COL4A1P02462 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC34.38■■■■□ 3.09
COL4A1P02462 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.37■■■■□ 3.09
COL4A1P02462 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.36■■■■□ 3.09
COL4A1P02462 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC34.34■■■■□ 3.09
COL4A1P02462 FAM89B-201ENST00000316409 1409 ntTSL 1 (best) BASIC34.33■■■■□ 3.09
COL4A1P02462 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC34.32■■■■□ 3.08
COL4A1P02462 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC34.31■■■■□ 3.08
COL4A1P02462 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL4A1P02462 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
COL4A1P02462 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
COL4A1P02462 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
COL4A1P02462 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC34.25■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.25■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC34.24■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.24■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 GRASP-206ENST00000552049 1688 ntTSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC34.21■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC34.21■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
COL4A1P02462 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC34.2■■■■□ 3.06
COL4A1P02462 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC34.18■■■■□ 3.06
COL4A1P02462 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC34.17■■■■□ 3.06
COL4A1P02462 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL4A1P02462 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
COL4A1P02462 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.14■■■■□ 3.06
COL4A1P02462 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC34.14■■■■□ 3.06
COL4A1P02462 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC34.1■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC34.09■■■■□ 3.05
COL4A1P02462 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL4A1P02462 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
COL4A1P02462 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC34.06■■■■□ 3.04
COL4A1P02462 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC34.06■■■■□ 3.04
COL4A1P02462 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC34.05■■■■□ 3.04
COL4A1P02462 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC34■■■■□ 3.03
COL4A1P02462 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34■■■■□ 3.03
COL4A1P02462 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
COL4A1P02462 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
COL4A1P02462 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.3 ms