Protein–RNA interactions for Protein: P01375

TNF, Tumor necrosis factor, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFP01375 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
TNFP01375 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TNFP01375 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
TNFP01375 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
TNFP01375 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
TNFP01375 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
TNFP01375 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
TNFP01375 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
TNFP01375 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
TNFP01375 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC27.43■■□□□ 1.98
TNFP01375 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
TNFP01375 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC27.39■■□□□ 1.98
TNFP01375 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.39■■□□□ 1.98
TNFP01375 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
TNFP01375 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
TNFP01375 GIPC1-201ENST00000345425 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
TNFP01375 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
TNFP01375 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
TNFP01375 PCBD2-201ENST00000254908 1223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
TNFP01375 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
TNFP01375 CHCHD4-201ENST00000295767 1603 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
TNFP01375 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
TNFP01375 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
TNFP01375 MAPK4-202ENST00000540640 1576 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
TNFP01375 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TNFP01375 C11orf63-202ENST00000307257 1964 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
TNFP01375 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
TNFP01375 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
TNFP01375 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
TNFP01375 AL391121.1-201ENST00000607967 1349 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
TNFP01375 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TNFP01375 TWIST1-201ENST00000242261 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
TNFP01375 CTDNEP1-210ENST00000574322 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TNFP01375 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
TNFP01375 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
TNFP01375 AC243773.2-204ENST00000621428 1462 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TNFP01375 SLC22A23-201ENST00000380298 1574 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
TNFP01375 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TNFP01375 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
TNFP01375 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
TNFP01375 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
TNFP01375 KCNK1-202ENST00000366621 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
TNFP01375 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TNFP01375 DPP6-204ENST00000406326 2012 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
TNFP01375 IL1R1-201ENST00000409288 1735 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
TNFP01375 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
TNFP01375 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC27.1■■□□□ 1.93
TNFP01375 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
TNFP01375 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
TNFP01375 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TNFP01375 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
TNFP01375 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TNFP01375 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
TNFP01375 NADK2-202ENST00000381937 2243 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
TNFP01375 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC27.04■■□□□ 1.92
TNFP01375 DBP-205ENST00000601104 1489 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TNFP01375 VPS37D-201ENST00000324941 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
TNFP01375 SDCCAG3-202ENST00000357365 2304 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
TNFP01375 HOXD-AS2-202ENST00000440016 999 ntTSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
TNFP01375 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
TNFP01375 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
TNFP01375 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TNFP01375 RHOC-208ENST00000369642 1355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
TNFP01375 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
TNFP01375 AC234582.1-201ENST00000447623 923 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
TNFP01375 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
TNFP01375 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC26.95■■□□□ 1.9
TNFP01375 KCTD17-201ENST00000402077 1691 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
TNFP01375 PRKAR1B-201ENST00000360274 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
TNFP01375 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC26.92■■□□□ 1.9
TNFP01375 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC26.92■■□□□ 1.9
TNFP01375 SAMD1-202ENST00000533683 2164 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TNFP01375 WASH5P-204ENST00000632292 975 ntBASIC26.91■■□□□ 1.9
TNFP01375 STK25-202ENST00000401869 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
TNFP01375 CTDNEP1-201ENST00000318988 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
TNFP01375 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
TNFP01375 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.9
TNFP01375 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
TNFP01375 CACNG6-201ENST00000252729 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
TNFP01375 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
TNFP01375 SMARCD3-201ENST00000262188 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TNFP01375 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC26.88■■□□□ 1.89
TNFP01375 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
TNFP01375 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC26.87■■□□□ 1.89
TNFP01375 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
TNFP01375 SCARA3-202ENST00000337221 1910 ntTSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TNFP01375 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TNFP01375 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC26.85■■□□□ 1.89
TNFP01375 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC26.85■■□□□ 1.89
TNFP01375 CCZ1-201ENST00000325974 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
TNFP01375 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TNFP01375 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TNFP01375 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
TNFP01375 TUBB6-201ENST00000317702 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
TNFP01375 CHMP4B-201ENST00000217402 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TNFP01375 ADRA2C-202ENST00000509482 1600 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
TNFP01375 C7orf50-202ENST00000397098 2131 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
TNFP01375 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC26.83■■□□□ 1.89
TNFP01375 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
TNFP01375 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 88.8 ms