Protein–RNA interactions for Protein: O75351

VPS4B, Vacuolar protein sorting-associated protein 4B, humanhuman

Predictions only

Length 444 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4BO75351 BRF1-221ENST00000619151 1530 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS4BO75351 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
VPS4BO75351 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 GNB5-202ENST00000358784 1735 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 NRGN-201ENST00000284292 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 RASGEF1C-207ENST00000615330 2268 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 ATRNL1-209ENST00000609571 1818 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
VPS4BO75351 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS4BO75351 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
VPS4BO75351 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC27.05■■□□□ 1.92
VPS4BO75351 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS4BO75351 GSTZ1-201ENST00000216465 1338 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS4BO75351 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
VPS4BO75351 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS4BO75351 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS4BO75351 RNF215-203ENST00000382363 1992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
VPS4BO75351 ANGPTL6-204ENST00000592641 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS4BO75351 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS4BO75351 DYNLL1-207ENST00000549989 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS4BO75351 DYNLL1-208ENST00000550178 581 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
VPS4BO75351 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS4BO75351 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS4BO75351 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS4BO75351 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
VPS4BO75351 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS4BO75351 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS4BO75351 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
VPS4BO75351 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS4BO75351 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
VPS4BO75351 AGTRAP-204ENST00000376637 1067 ntTSL 2 BASIC26.91■■□□□ 1.9
VPS4BO75351 MPST-201ENST00000341116 1504 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
VPS4BO75351 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 NFKBIA-209ENST00000557389 1537 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC26.84■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 CCM2-218ENST00000541586 1719 ntTSL 3 BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 SHC2-201ENST00000264554 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
VPS4BO75351 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 GNPTAB-206ENST00000549940 1678 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC26.78■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 BMP7-202ENST00000395864 1746 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC26.77■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.88
VPS4BO75351 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 JUND-201ENST00000252818 1863 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 ARL8A-204ENST00000614750 1727 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
VPS4BO75351 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 KCTD17-209ENST00000610767 1502 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.65■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC26.64■■□□□ 1.86
VPS4BO75351 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 TMEM80-202ENST00000397512 1572 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 ZBTB12-201ENST00000375527 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 TRAPPC10-202ENST00000380221 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 CMAS-201ENST00000229329 1787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 HOXB3-207ENST00000472863 1909 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 DEXI-201ENST00000331808 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
VPS4BO75351 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS4BO75351 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
VPS4BO75351 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
VPS4BO75351 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms