Protein–RNA interactions for Protein: Q15427

SF3B4, Splicing factor 3B subunit 4, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 424 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B4Q15427 SCARB1-208ENST00000544327 1812 ntTSL 5 BASIC16.21■□□□□ 0.191e-13■■■■■ 45.6
SF3B4Q15427 SCARB1-204ENST00000535005 1845 ntTSL 1 (best)11.34□□□□□ -0.591e-13■■■■■ 45.6
SF3B4Q15427 PABPN1-204ENST00000554062 589 ntTSL 34.3□□□□□ -1.721e-13■■■■■ 45.6
SF3B4Q15427 CORO7-217ENST00000572666 1237 ntTSL 514.63□□□□□ -0.076e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 ACSM3-205ENST00000561584 561 ntTSL 410.75□□□□□ -0.693e-10■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 CCNF-203ENST00000564236 789 ntTSL 315.3■□□□□ 0.048e-10■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 METTL22-211ENST00000564133 407 ntTSL 210.25□□□□□ -0.778e-10■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 CTC1-209ENST00000581729 569 ntAPPRIS ALT2 TSL 33.68□□□□□ -1.823e-13■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 CTC1-207ENST00000580299 375 ntAPPRIS ALT2 TSL 52.24□□□□□ -2.053e-13■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 BTBD19-209ENST00000495433 934 ntTSL 320.03■□□□□ 0.86e-12■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-211ENST00000550973 1111 ntTSL 518.67■□□□□ 0.584e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-213ENST00000552347 1645 ntTSL 515.97■□□□□ 0.154e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-212ENST00000551749 2091 ntTSL 215.87■□□□□ 0.134e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-201ENST00000084795 612 ntTSL 1 (best)15.66■□□□□ 0.14e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC15.66■□□□□ 0.14e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC15.66■□□□□ 0.14e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.66■□□□□ 0.14e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-206ENST00000549370 628 ntTSL 514.71□□□□□ -0.054e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-202ENST00000546623 541 ntTSL 514.49□□□□□ -0.094e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-204ENST00000547897 440 ntTSL 512.6□□□□□ -0.394e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-205ENST00000549273 1036 ntTSL 2 BASIC12.01□□□□□ -0.494e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL18-203ENST00000547892 3844 nt11.82□□□□□ -0.524e-7■■■■■ 45.5
SF3B4Q15427 RPL13-203ENST00000399461 879 ntTSL 220.33■□□□□ 0.852e-25■■■■■ 45.4
SF3B4Q15427 IGF2R-204ENST00000475834 758 ntTSL 210.68□□□□□ -0.71e-7■■■■■ 45.4
SF3B4Q15427 INTS10-210ENST00000521357 876 ntTSL 514.62□□□□□ -0.071e-7■■■■■ 45.4
SF3B4Q15427 INTS10-204ENST00000518799 457 ntTSL 58□□□□□ -1.131e-7■■■■■ 45.4
SF3B4Q15427 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.4■□□□□ 0.74e-10■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.324e-10■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.2□□□□□ -0.34e-10■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 PITPNB-204ENST00000436663 590 ntTSL 212.06□□□□□ -0.481e-13■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 PITPNB-201ENST00000320996 2826 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.55□□□□□ -0.564e-10■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 PITPNB-203ENST00000415296 884 ntTSL 39.77□□□□□ -0.854e-10■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 PITPNB-209ENST00000477861 786 ntTSL 55.68□□□□□ -1.54e-10■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 GTF2A1-201ENST00000298173 1677 ntTSL 221.74■■□□□ 1.072e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 ANKRD54-205ENST00000413497 794 ntTSL 318.96■□□□□ 0.631e-6■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 ANKRD54-207ENST00000434930 735 ntTSL 518.94■□□□□ 0.621e-6■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 ZSWIM8-208ENST00000466354 630 ntTSL 317.68■□□□□ 0.422e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 HSD3B7-204ENST00000574447 746 ntTSL 316.21■□□□□ 0.192e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 ANKRD54-206ENST00000424350 597 ntTSL 315.31■□□□□ 0.041e-6■■■■■ 45.3
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SF3B4Q15427 HSD3B7-203ENST00000562932 746 ntTSL 514.11□□□□□ -0.152e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 GABPA-202ENST00000400075 4814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.85□□□□□ -0.192e-9■■■■■ 45.3
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SF3B4Q15427 ZSWIM8-217ENST00000603409 842 ntTSL 511.14□□□□□ -0.632e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 NAA40-204ENST00000536939 567 ntTSL 211.02□□□□□ -0.652e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 ZSWIM8-209ENST00000466568 466 ntTSL 29.63□□□□□ -0.872e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 GTF2A1-203ENST00000553612 6306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.43□□□□□ -0.92e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 GABPA-201ENST00000354828 5120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.3□□□□□ -0.922e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 TRAP1-217ENST00000576788 568 ntTSL 48.94□□□□□ -0.982e-9■■■■■ 45.3
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SF3B4Q15427 NAA40-210ENST00000545161 351 ntTSL 36.42□□□□□ -1.382e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 GTF2A1-202ENST00000434192 1199 ntTSL 1 (best) BASIC6.1□□□□□ -1.432e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 USP7-220ENST00000569448 698 ntTSL 24.79□□□□□ -1.642e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 HDAC6-223ENST00000480525 412 ntTSL 34.68□□□□□ -1.662e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 USP7-218ENST00000567692 313 ntTSL 53.19□□□□□ -1.92e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 USP7-206ENST00000563043 332 ntTSL 52.35□□□□□ -2.032e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 TSPAN32-203ENST00000381117 798 ntTSL 1 (best)17.59■□□□□ 0.418e-7■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 TSPAN32-212ENST00000484523 582 ntTSL 512.79□□□□□ -0.368e-7■■■■■ 45.3
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SF3B4Q15427 MPPE1-211ENST00000588072 4236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.44■□□□□ 0.061e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-209ENST00000587381 555 ntTSL 414.98□□□□□ -0.011e-9■■■■■ 45.3
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SF3B4Q15427 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.191e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-217ENST00000589731 1568 ntTSL 1 (best)12.79□□□□□ -0.361e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-229ENST00000592977 1089 ntTSL 512.34□□□□□ -0.431e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-218ENST00000589829 593 ntTSL 412.07□□□□□ -0.481e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-222ENST00000591667 580 ntTSL 412.07□□□□□ -0.481e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-205ENST00000496196 2427 ntTSL 1 (best)12.06□□□□□ -0.481e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-202ENST00000317235 2324 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.511e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-204ENST00000344987 1831 ntTSL 5 BASIC11.61□□□□□ -0.551e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-212ENST00000588103 698 ntTSL 311.36□□□□□ -0.591e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-216ENST00000589267 885 ntTSL 511.22□□□□□ -0.611e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-230ENST00000593001 379 ntTSL 1 (best)10.96□□□□□ -0.651e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-221ENST00000590501 818 ntTSL 310.38□□□□□ -0.751e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-208ENST00000586844 564 ntTSL 410.33□□□□□ -0.761e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 MPPE1-219ENST00000589859 567 ntTSL 49.47□□□□□ -0.891e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 TBRG4-212ENST00000483615 822 ntTSL 312.79□□□□□ -0.361e-6■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 CCNL2-209ENST00000471930 846 ntTSL 511.61□□□□□ -0.554e-9■■■■■ 45.3
SF3B4Q15427 CHTF18-209ENST00000479976 1110 ntTSL 225.97■■□□□ 1.753e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.243e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 PTPRF-207ENST00000436724 2168 ntTSL 1 (best)18.71■□□□□ 0.593e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 BAIAP2-227ENST00000576470 593 ntTSL 218.36■□□□□ 0.531e-15■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 ELOVL1-211ENST00000482302 984 ntTSL 317.7■□□□□ 0.423e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 BAIAP2-224ENST00000575989 565 ntTSL 417.53■□□□□ 0.46e-12■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 BAIAP2-217ENST00000574688 575 ntTSL 517.19■□□□□ 0.346e-12■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 POC1A-202ENST00000394970 1999 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.343e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 CHTF18-210ENST00000484349 568 ntTSL 316.88■□□□□ 0.293e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 BAIAP2-230ENST00000577097 1014 ntTSL 316.8■□□□□ 0.286e-12■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 ELOVL1-207ENST00000470968 867 ntTSL 516.63■□□□□ 0.253e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.033e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 BAIAP2-208ENST00000572073 782 ntTSL 314.7□□□□□ -0.066e-12■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.69□□□□□ -0.063e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 ELOVL1-206ENST00000470769 1215 ntTSL 214.35□□□□□ -0.113e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 ELOVL1-203ENST00000464204 1034 ntTSL 1 (best)14.29□□□□□ -0.123e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 LTBP4-222ENST00000598256 752 ntTSL 214.25□□□□□ -0.133e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 ELOVL1-212ENST00000487209 828 ntTSL 213.65□□□□□ -0.223e-10■■■■■ 45.2
SF3B4Q15427 BAIAP2-221ENST00000575750 584 ntTSL 413.55□□□□□ -0.246e-12■■■■■ 45.2
Retrieved 100 of 47,349 protein–RNA pairs in 3982.1 ms