Protein–RNA interactions for Protein: Q8N8U3

RTL3, Retrotransposon Gag-like protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 475 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTL3Q8N8U3 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 ZNF205-201ENST00000219091 1947 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
RTL3Q8N8U3 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 NOCT-201ENST00000280614 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
RTL3Q8N8U3 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.1 ms