Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

Predictions only

Length 963 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.42■■■□□ 2.46
USP4Q13107 LINC01578-203ENST00000554669 578 ntTSL 5 BASIC30.38■■■□□ 2.45
USP4Q13107 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP4Q13107 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
USP4Q13107 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP4Q13107 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
USP4Q13107 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP4Q13107 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
USP4Q13107 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
USP4Q13107 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.44
USP4Q13107 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.24■■■□□ 2.43
USP4Q13107 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC30.22■■■□□ 2.43
USP4Q13107 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
USP4Q13107 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
USP4Q13107 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC30.15■■■□□ 2.42
USP4Q13107 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
USP4Q13107 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
USP4Q13107 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP4Q13107 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
USP4Q13107 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
USP4Q13107 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP4Q13107 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC30.04■■■□□ 2.4
USP4Q13107 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.02■■■□□ 2.4
USP4Q13107 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
USP4Q13107 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP4Q13107 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP4Q13107 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
USP4Q13107 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
USP4Q13107 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
USP4Q13107 INO80B-WBP1-202ENST00000452361 2040 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP4Q13107 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
USP4Q13107 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP4Q13107 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC29.88■■■□□ 2.37
USP4Q13107 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP4Q13107 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
USP4Q13107 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC29.86■■■□□ 2.37
USP4Q13107 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC29.82■■■□□ 2.36
USP4Q13107 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC29.8■■■□□ 2.36
USP4Q13107 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP4Q13107 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.78■■■□□ 2.36
USP4Q13107 MAPK3-201ENST00000263025 1861 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.77■■■□□ 2.36
USP4Q13107 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.76■■■□□ 2.35
USP4Q13107 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
USP4Q13107 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
USP4Q13107 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
USP4Q13107 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
USP4Q13107 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP4Q13107 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
USP4Q13107 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
USP4Q13107 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
USP4Q13107 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
USP4Q13107 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP4Q13107 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
USP4Q13107 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
USP4Q13107 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
USP4Q13107 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
USP4Q13107 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
USP4Q13107 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP4Q13107 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC29.54■■■□□ 2.32
USP4Q13107 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
USP4Q13107 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
USP4Q13107 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP4Q13107 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
USP4Q13107 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP4Q13107 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
USP4Q13107 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP4Q13107 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP4Q13107 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
USP4Q13107 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
USP4Q13107 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC29.47■■■□□ 2.31
USP4Q13107 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
USP4Q13107 SLC25A10-203ENST00000545862 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
USP4Q13107 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
USP4Q13107 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC29.42■■■□□ 2.3
USP4Q13107 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
USP4Q13107 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
USP4Q13107 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC29.4■■■□□ 2.3
USP4Q13107 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
USP4Q13107 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
USP4Q13107 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
USP4Q13107 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
USP4Q13107 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
USP4Q13107 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
USP4Q13107 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
USP4Q13107 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
USP4Q13107 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP4Q13107 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
USP4Q13107 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP4Q13107 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
USP4Q13107 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
USP4Q13107 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC29.24■■■□□ 2.27
USP4Q13107 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP4Q13107 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
USP4Q13107 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP4Q13107 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC29.21■■■□□ 2.27
USP4Q13107 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
USP4Q13107 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC29.2■■■□□ 2.26
USP4Q13107 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
USP4Q13107 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC29.19■■■□□ 2.26
USP4Q13107 SULT4A1-201ENST00000330884 2468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.9 ms