Protein–RNA interactions for Protein: P50479

PDLIM4, PDZ and LIM domain protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM4P50479 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
PDLIM4P50479 SAP30-201ENST00000296504 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
PDLIM4P50479 CBX4-202ENST00000448310 718 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
PDLIM4P50479 PLPP2-203ENST00000434325 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PDLIM4P50479 MSANTD3-203ENST00000395067 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PDLIM4P50479 TGIF1-202ENST00000343820 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PDLIM4P50479 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
PDLIM4P50479 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PDLIM4P50479 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PDLIM4P50479 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PDLIM4P50479 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PDLIM4P50479 C11orf68-201ENST00000438576 1619 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PDLIM4P50479 AL031258.1-201ENST00000623562 325 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
PDLIM4P50479 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PDLIM4P50479 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
PDLIM4P50479 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
PDLIM4P50479 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
PDLIM4P50479 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PDLIM4P50479 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
PDLIM4P50479 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PDLIM4P50479 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
PDLIM4P50479 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
PDLIM4P50479 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
PDLIM4P50479 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
PDLIM4P50479 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
PDLIM4P50479 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
PDLIM4P50479 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
PDLIM4P50479 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PDLIM4P50479 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
PDLIM4P50479 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
PDLIM4P50479 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
PDLIM4P50479 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
PDLIM4P50479 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
PDLIM4P50479 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
PDLIM4P50479 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
PDLIM4P50479 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
PDLIM4P50479 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
PDLIM4P50479 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PDLIM4P50479 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
PDLIM4P50479 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
PDLIM4P50479 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
PDLIM4P50479 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
PDLIM4P50479 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PDLIM4P50479 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
PDLIM4P50479 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
PDLIM4P50479 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
PDLIM4P50479 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
PDLIM4P50479 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
PDLIM4P50479 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
PDLIM4P50479 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
PDLIM4P50479 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PDLIM4P50479 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
PDLIM4P50479 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC24.03■■□□□ 1.44
PDLIM4P50479 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PDLIM4P50479 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
PDLIM4P50479 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
PDLIM4P50479 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
PDLIM4P50479 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PDLIM4P50479 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
PDLIM4P50479 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
PDLIM4P50479 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
PDLIM4P50479 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
PDLIM4P50479 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
PDLIM4P50479 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
PDLIM4P50479 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
PDLIM4P50479 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
PDLIM4P50479 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC23.89■■□□□ 1.41
PDLIM4P50479 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC23.89■■□□□ 1.41
PDLIM4P50479 FEZF2-201ENST00000283268 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PDLIM4P50479 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
PDLIM4P50479 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PDLIM4P50479 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
PDLIM4P50479 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
PDLIM4P50479 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
PDLIM4P50479 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
PDLIM4P50479 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
PDLIM4P50479 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
PDLIM4P50479 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
PDLIM4P50479 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
PDLIM4P50479 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PDLIM4P50479 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
PDLIM4P50479 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PDLIM4P50479 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PDLIM4P50479 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PDLIM4P50479 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PDLIM4P50479 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
PDLIM4P50479 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
PDLIM4P50479 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PDLIM4P50479 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
PDLIM4P50479 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PDLIM4P50479 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
PDLIM4P50479 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
PDLIM4P50479 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
PDLIM4P50479 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PDLIM4P50479 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PDLIM4P50479 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PDLIM4P50479 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PDLIM4P50479 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
PDLIM4P50479 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
PDLIM4P50479 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 8.5 ms