Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 FAM19A5-203ENST00000402357 1508 ntTSL 1 (best) BASIC39.34■■■■□ 3.89
HOXC9P31274 C11orf84-201ENST00000294244 2024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.33■■■■□ 3.89
HOXC9P31274 SH3GL1-202ENST00000417295 1404 ntTSL 2 BASIC39.33■■■■□ 3.89
HOXC9P31274 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC39.24■■■■□ 3.87
HOXC9P31274 TRIP10-202ENST00000313285 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.23■■■■□ 3.87
HOXC9P31274 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC39.22■■■■□ 3.87
HOXC9P31274 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC39.22■■■■□ 3.87
HOXC9P31274 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC39.22■■■■□ 3.87
HOXC9P31274 ILK-212ENST00000532063 1617 ntTSL 2 BASIC39.18■■■■□ 3.86
HOXC9P31274 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
HOXC9P31274 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC39.15■■■■□ 3.86
HOXC9P31274 FEZF2-203ENST00000486811 2001 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.13■■■■□ 3.85
HOXC9P31274 COPS6-201ENST00000303904 1432 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
HOXC9P31274 RNF126-201ENST00000292363 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.12■■■■□ 3.85
HOXC9P31274 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.09■■■■□ 3.85
HOXC9P31274 ADNP-AS1-201ENST00000558899 927 ntTSL 3 BASIC39.03■■■■□ 3.84
HOXC9P31274 HAGHL-204ENST00000549114 1820 ntTSL 5 BASIC39■■■■□ 3.83
HOXC9P31274 Z97634.1-201ENST00000412293 1715 ntTSL 1 (best) BASIC39■■■■□ 3.83
HOXC9P31274 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC38.99■■■■□ 3.83
HOXC9P31274 LFNG-203ENST00000359574 1377 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.95■■■■□ 3.83
HOXC9P31274 AL360182.2-201ENST00000451656 470 ntTSL 3 BASIC38.93■■■■□ 3.82
HOXC9P31274 LY6K-202ENST00000518841 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.9■■■■□ 3.82
HOXC9P31274 FBXO2-201ENST00000354287 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.9■■■■□ 3.82
HOXC9P31274 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.88■■■■□ 3.81
HOXC9P31274 HAPLN2-201ENST00000255039 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.87■■■■□ 3.81
HOXC9P31274 HOXB3-211ENST00000490677 1109 ntTSL 1 (best) BASIC38.87■■■■□ 3.81
HOXC9P31274 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC38.86■■■■□ 3.81
HOXC9P31274 EBPL-203ENST00000378270 579 ntTSL 2 BASIC38.81■■■■□ 3.8
HOXC9P31274 CD151-202ENST00000397420 1648 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.79■■■■□ 3.8
HOXC9P31274 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC38.77■■■■□ 3.8
HOXC9P31274 RARRES2P7-201ENST00000567349 469 ntBASIC38.77■■■■□ 3.8
HOXC9P31274 AC116565.1-201ENST00000610212 2421 ntAPPRIS P1 BASIC38.77■■■■□ 3.8
HOXC9P31274 RAB43-207ENST00000476465 1627 ntTSL 3 BASIC38.75■■■■□ 3.79
HOXC9P31274 SSBP4-206ENST00000599699 793 ntTSL 2 BASIC38.74■■■■□ 3.79
HOXC9P31274 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.73■■■■□ 3.79
HOXC9P31274 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.68■■■■□ 3.78
HOXC9P31274 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC38.65■■■■□ 3.78
HOXC9P31274 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC38.61■■■■□ 3.77
HOXC9P31274 LMO2-202ENST00000395833 1687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.61■■■■□ 3.77
HOXC9P31274 ARRDC1-201ENST00000371421 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.59■■■■□ 3.77
HOXC9P31274 NT5M-201ENST00000389022 1617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.56■■■■□ 3.76
HOXC9P31274 FAM89A-201ENST00000366654 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.55■■■■□ 3.76
HOXC9P31274 AC009133.5-201ENST00000562594 473 ntTSL 4 BASIC38.55■■■■□ 3.76
HOXC9P31274 AC025431.1-201ENST00000559684 874 ntTSL 3 BASIC38.54■■■■□ 3.76
HOXC9P31274 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC38.54■■■■□ 3.76
HOXC9P31274 PPP1CC-202ENST00000340766 1472 ntTSL 2 BASIC38.51■■■■□ 3.76
HOXC9P31274 AC068152.1-207ENST00000573341 647 ntTSL 2 BASIC38.5■■■■□ 3.75
HOXC9P31274 AC136428.2-201ENST00000563187 214 ntBASIC38.49■■■■□ 3.75
HOXC9P31274 BRF1-213ENST00000548421 1452 ntTSL 1 (best) BASIC38.47■■■■□ 3.75
HOXC9P31274 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC38.47■■■■□ 3.75
HOXC9P31274 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC38.47■■■■□ 3.75
HOXC9P31274 SETD8P1-201ENST00000623146 1180 ntBASIC38.47■■■■□ 3.75
HOXC9P31274 RAB12-201ENST00000329286 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.47■■■■□ 3.75
HOXC9P31274 MSX2-202ENST00000507785 1188 ntTSL 2 BASIC38.45■■■■□ 3.75
HOXC9P31274 TXN-202ENST00000374517 869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.42■■■■□ 3.74
HOXC9P31274 AC145285.7-201ENST00000614819 1539 ntBASIC38.42■■■■□ 3.74
HOXC9P31274 HNRNPAB-207ENST00000514633 1571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.41■■■■□ 3.74
HOXC9P31274 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC38.41■■■■□ 3.74
HOXC9P31274 PCYT2-205ENST00000570391 1857 ntTSL 2 BASIC38.41■■■■□ 3.74
HOXC9P31274 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC38.38■■■■□ 3.73
HOXC9P31274 IL13RA1-201ENST00000371642 1096 ntTSL 1 (best) BASIC38.32■■■■□ 3.72
HOXC9P31274 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.28■■■■□ 3.72
HOXC9P31274 MVK-208ENST00000539696 608 ntTSL 5 BASIC38.27■■■■□ 3.72
HOXC9P31274 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC38.26■■■■□ 3.72
HOXC9P31274 TPRG1L-201ENST00000344579 2189 ntTSL 1 (best) BASIC38.24■■■■□ 3.71
HOXC9P31274 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC38.24■■■■□ 3.71
HOXC9P31274 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC38.22■■■■□ 3.71
HOXC9P31274 MACROD1-201ENST00000255681 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.16■■■■□ 3.7
HOXC9P31274 PPP1R1A-201ENST00000257905 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.15■■■■□ 3.7
HOXC9P31274 AC068152.1-210ENST00000574741 836 ntTSL 3 BASIC38.15■■■■□ 3.7
HOXC9P31274 MAPK3-202ENST00000322266 1743 ntTSL 5 BASIC38.15■■■■□ 3.7
HOXC9P31274 ATPAF1-201ENST00000329231 1241 ntTSL 2 BASIC38.14■■■■□ 3.7
HOXC9P31274 MAPK1-202ENST00000398822 1487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.14■■■■□ 3.7
HOXC9P31274 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.12■■■■□ 3.69
HOXC9P31274 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.11■■■■□ 3.69
HOXC9P31274 RASSF7-201ENST00000397582 1731 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.11■■■■□ 3.69
HOXC9P31274 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.02■■■■□ 3.68
HOXC9P31274 GIPC1-202ENST00000393028 1483 ntTSL 3 BASIC38.01■■■■□ 3.67
HOXC9P31274 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC38■■■■□ 3.67
HOXC9P31274 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38■■■■□ 3.67
HOXC9P31274 CATIP-201ENST00000289388 1323 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.99■■■■□ 3.67
HOXC9P31274 RSG1-201ENST00000375599 1545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
HOXC9P31274 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.97■■■■□ 3.67
HOXC9P31274 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
HOXC9P31274 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
HOXC9P31274 LTB4R2-204ENST00000533293 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.96■■■■□ 3.67
HOXC9P31274 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC37.94■■■■□ 3.66
HOXC9P31274 LGALS3-201ENST00000254301 1146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.92■■■■□ 3.66
HOXC9P31274 CTDNEP1-208ENST00000573600 1724 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.88■■■■□ 3.65
HOXC9P31274 AUTS2-202ENST00000403018 957 ntTSL 1 (best) BASIC37.88■■■■□ 3.65
HOXC9P31274 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.87■■■■□ 3.65
HOXC9P31274 CDKN2D-202ENST00000393599 1422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.87■■■■□ 3.65
HOXC9P31274 AGAP1-204ENST00000409457 2165 ntTSL 1 (best) BASIC37.86■■■■□ 3.65
HOXC9P31274 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.85■■■■□ 3.65
HOXC9P31274 CRIP2-201ENST00000329146 1857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.84■■■■□ 3.65
HOXC9P31274 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC37.84■■■■□ 3.65
HOXC9P31274 AL109917.1-201ENST00000412228 906 ntTSL 2 BASIC37.82■■■■□ 3.64
HOXC9P31274 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC37.8■■■■□ 3.64
HOXC9P31274 ANKS1B-202ENST00000333732 1675 ntTSL 2 BASIC37.79■■■■□ 3.64
HOXC9P31274 B4GALT2-203ENST00000372324 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.76■■■■□ 3.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.3 ms