Protein–RNA interactions for Protein: Q8NDQ6

ZNF540, Zinc finger protein 540, humanhuman

Predictions only

Length 660 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF540Q8NDQ6 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 UBTD1-201ENST00000370664 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC21.66■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC21.65■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC21.64■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
ZNF540Q8NDQ6 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 PCSK6-215ENST00000611967 3336 ntTSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 HSPBP1-201ENST00000255631 1768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
ZNF540Q8NDQ6 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 NAPRT-204ENST00000449291 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
ZNF540Q8NDQ6 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms