Protein–RNA interactions for Protein: O75161

NPHP4, Nephrocystin-4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,426 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP4O75161 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.06■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC34.06■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.05■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC34.04■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC34.03■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.02■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC34.02■■■■□ 3.04
NPHP4O75161 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC34.01■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC34.01■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC34■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC33.98■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.96■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.03
NPHP4O75161 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC33.95■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC33.95■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC33.94■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC33.94■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC33.94■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC33.94■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC33.93■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC33.93■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC33.93■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC33.93■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.92■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC33.92■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC33.92■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.91■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC33.9■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC33.89■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC33.89■■■■□ 3.02
NPHP4O75161 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC33.88■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC33.88■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 PXDC1-202ENST00000380283 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.88■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.88■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC33.87■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC33.87■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC33.87■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC33.86■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC33.84■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.84■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC33.83■■■■□ 3.01
NPHP4O75161 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
NPHP4O75161 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC33.82■■■■□ 3
NPHP4O75161 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.82■■■■□ 3
NPHP4O75161 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
NPHP4O75161 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC33.81■■■■□ 3
NPHP4O75161 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
NPHP4O75161 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.81■■■■□ 3
NPHP4O75161 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC33.8■■■■□ 3
NPHP4O75161 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.8■■■■□ 3
NPHP4O75161 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC33.8■■■■□ 3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 116.5 ms