Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
SKA1Q96BD8 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 NKX2-3-201ENST00000344586 2097 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
SKA1Q96BD8 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
SKA1Q96BD8 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.8 ms