Protein–RNA interactions for Protein: P55072

VCP, Transitional endoplasmic reticulum ATPase, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 806 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VCPP55072 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
VCPP55072 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCPP55072 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCPP55072 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCPP55072 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
VCPP55072 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCPP55072 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCPP55072 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCPP55072 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCPP55072 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCPP55072 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCPP55072 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCPP55072 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCPP55072 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
VCPP55072 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCPP55072 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCPP55072 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCPP55072 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCPP55072 TSPAN10-203ENST00000574882 1837 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCPP55072 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCPP55072 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCPP55072 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCPP55072 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCPP55072 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
VCPP55072 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCPP55072 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCPP55072 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCPP55072 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCPP55072 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCPP55072 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCPP55072 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
VCPP55072 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCPP55072 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCPP55072 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCPP55072 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCPP55072 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
VCPP55072 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCPP55072 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCPP55072 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCPP55072 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCPP55072 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCPP55072 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
VCPP55072 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCPP55072 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
VCPP55072 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCPP55072 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCPP55072 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
VCPP55072 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
VCPP55072 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCPP55072 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCPP55072 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCPP55072 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCPP55072 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCPP55072 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
VCPP55072 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VCPP55072 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VCPP55072 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
VCPP55072 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
VCPP55072 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCPP55072 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCPP55072 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCPP55072 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCPP55072 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCPP55072 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
VCPP55072 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
VCPP55072 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCPP55072 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
VCPP55072 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
VCPP55072 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VCPP55072 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VCPP55072 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VCPP55072 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VCPP55072 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VCPP55072 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VCPP55072 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
VCPP55072 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC25.27■■□□□ 1.64
VCPP55072 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VCPP55072 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
VCPP55072 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VCPP55072 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VCPP55072 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VCPP55072 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VCPP55072 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VCPP55072 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
VCPP55072 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
VCPP55072 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VCPP55072 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
VCPP55072 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
VCPP55072 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.1 ms