Protein–RNA interactions for Protein: Q9UQE7

SMC3, Structural maintenance of chromosomes protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,217 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC3Q9UQE7 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
SMC3Q9UQE7 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.12■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 FAM124A-204ENST00000615498 2383 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SMC3Q9UQE7 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 SLC30A3-201ENST00000233535 2260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC28.04■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SMC3Q9UQE7 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
SMC3Q9UQE7 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms