Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.55■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC28.54■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
COL9A3Q14050 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.49■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL9A3Q14050 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL9A3Q14050 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL9A3Q14050 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
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