Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC30.34■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC30.33■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
TRIM28Q13263 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC30.32■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC30.31■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC30.31■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.3■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC30.29■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC30.29■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC30.28■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC30.27■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC30.26■■■□□ 2.44
TRIM28Q13263 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 OSCAR-206ENST00000391760 629 ntTSL 2 BASIC30.26■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.26■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.25■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.24■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC30.23■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC30.22■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC30.21■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.2■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 RABL6-204ENST00000371671 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC30.2■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC30.2■■■□□ 2.43
TRIM28Q13263 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC30.19■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC30.19■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC30.19■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC30.18■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC30.17■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC30.17■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC30.17■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 R3HCC1-202ENST00000411463 1467 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC30.17■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 AL022341.2-201ENST00000573609 1417 ntTSL 3 BASIC30.15■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC30.15■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC30.15■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
TRIM28Q13263 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
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