Protein–RNA interactions for Protein: Q9NPC8

SIX2, Homeobox protein SIX2, humanhuman

Predictions only

Length 291 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX2Q9NPC8 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
SIX2Q9NPC8 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SIX2Q9NPC8 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SIX2Q9NPC8 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
SIX2Q9NPC8 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
SIX2Q9NPC8 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC26.14■■□□□ 1.78
SIX2Q9NPC8 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC26.13■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC26.13■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC26.12■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC26.12■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SIX2Q9NPC8 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.02■■□□□ 1.76
SIX2Q9NPC8 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC26■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.97■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
SIX2Q9NPC8 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
SIX2Q9NPC8 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms