Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
CCDC54Q8NEL0 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC20.91■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
CCDC54Q8NEL0 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 SOS2-201ENST00000216373 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC20.85■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
CCDC54Q8NEL0 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
CCDC54Q8NEL0 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.7 ms