Protein–RNA interactions for Protein: O95476

CTDNEP1, CTD nuclear envelope phosphatase 1, humanhuman

Predictions only

Length 244 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTDNEP1O95476 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC28.25■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CTDNEP1O95476 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC28.15■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CTDNEP1O95476 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC28.14■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CTDNEP1O95476 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CTDNEP1O95476 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 85.1 ms