Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.86■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SKA1Q96BD8 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SKA1Q96BD8 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SKA1Q96BD8 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15 ms