Protein–RNA interactions for Protein: P49959

MRE11, Double-strand break repair protein MRE11, humanhuman

Predictions only

Length 708 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MRE11P49959 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MRE11P49959 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
MRE11P49959 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
MRE11P49959 PANK2-201ENST00000316562 2280 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
MRE11P49959 FAAP20-204ENST00000400919 1413 ntTSL 3 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MRE11P49959 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
MRE11P49959 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
MRE11P49959 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MRE11P49959 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC28.11■■■□□ 2.09
MRE11P49959 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MRE11P49959 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MRE11P49959 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
MRE11P49959 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
MRE11P49959 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
MRE11P49959 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
MRE11P49959 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
MRE11P49959 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
MRE11P49959 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC28.09■■■□□ 2.09
MRE11P49959 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
MRE11P49959 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
MRE11P49959 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
MRE11P49959 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
MRE11P49959 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
MRE11P49959 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
MRE11P49959 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
MRE11P49959 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC28.06■■■□□ 2.08
MRE11P49959 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MRE11P49959 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MRE11P49959 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MRE11P49959 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MRE11P49959 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
MRE11P49959 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
MRE11P49959 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
MRE11P49959 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
MRE11P49959 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
MRE11P49959 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
MRE11P49959 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.05■■■□□ 2.08
MRE11P49959 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
MRE11P49959 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
MRE11P49959 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
MRE11P49959 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
MRE11P49959 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
MRE11P49959 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
MRE11P49959 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
MRE11P49959 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
MRE11P49959 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
MRE11P49959 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
MRE11P49959 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
MRE11P49959 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
MRE11P49959 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
MRE11P49959 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
MRE11P49959 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
MRE11P49959 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
MRE11P49959 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
MRE11P49959 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.02■■■□□ 2.08
MRE11P49959 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
MRE11P49959 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
MRE11P49959 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.01■■■□□ 2.07
MRE11P49959 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
MRE11P49959 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
MRE11P49959 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
MRE11P49959 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
MRE11P49959 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
MRE11P49959 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
MRE11P49959 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
MRE11P49959 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
MRE11P49959 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
MRE11P49959 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
MRE11P49959 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC27.99■■■□□ 2.07
MRE11P49959 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
MRE11P49959 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.98■■■□□ 2.07
MRE11P49959 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
MRE11P49959 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.98■■■□□ 2.07
MRE11P49959 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
MRE11P49959 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
MRE11P49959 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
MRE11P49959 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
MRE11P49959 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC27.97■■■□□ 2.07
MRE11P49959 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.97■■■□□ 2.07
MRE11P49959 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC27.97■■■□□ 2.07
MRE11P49959 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
MRE11P49959 SPOCK3-221ENST00000512648 1456 ntTSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
MRE11P49959 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
MRE11P49959 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.96■■■□□ 2.07
MRE11P49959 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC27.96■■■□□ 2.07
MRE11P49959 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC27.95■■■□□ 2.07
MRE11P49959 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC27.95■■■□□ 2.06
MRE11P49959 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
MRE11P49959 QDPR-201ENST00000281243 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.95■■■□□ 2.06
MRE11P49959 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
MRE11P49959 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
MRE11P49959 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
MRE11P49959 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.94■■■□□ 2.06
MRE11P49959 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
MRE11P49959 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
MRE11P49959 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
MRE11P49959 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
MRE11P49959 HADH-203ENST00000505878 1719 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
MRE11P49959 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
MRE11P49959 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 141.9 ms