Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 RRAD-202ENST00000420652 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CCDC39Q9UFE4 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.1■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
CCDC39Q9UFE4 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.03■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
CCDC39Q9UFE4 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 CPLX1-201ENST00000304062 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC27.99■■■□□ 2.07
CCDC39Q9UFE4 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms