Protein–RNA interactions for Protein: Q96K76

USP47, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 47, humanhuman

Predictions only

Length 1,375 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP47Q96K76 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.7■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC34.7■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC34.69■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.69■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC34.68■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC34.68■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.67■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC34.67■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.67■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC34.66■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC34.66■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC34.66■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC34.65■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC34.65■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC34.64■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC34.64■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.64■■■■□ 3.14
USP47Q96K76 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.63■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC34.63■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC34.63■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC34.62■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.62■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC34.62■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.6■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.6■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC34.59■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC34.58■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC34.58■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC34.58■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC34.57■■■■□ 3.13
USP47Q96K76 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC34.57■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC34.57■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.57■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC34.56■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.56■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC34.55■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.55■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC34.55■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC34.54■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.54■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.54■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC34.52■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC34.52■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 NRG2-203ENST00000340391 1944 ntTSL 5 BASIC34.52■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.51■■■■□ 3.12
USP47Q96K76 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.51■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC34.5■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC34.5■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC34.49■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.49■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC34.49■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.48■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC34.48■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC34.48■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.48■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC34.47■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC34.47■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.47■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC34.47■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC34.46■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC34.45■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC34.45■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.45■■■■□ 3.11
USP47Q96K76 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC34.45■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC34.45■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC34.44■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC34.44■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
USP47Q96K76 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC34.44■■■■□ 3.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.2 ms