Protein–RNA interactions for Protein: Q8N8U3

RTL3, Retrotransposon Gag-like protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 475 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTL3Q8N8U3 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.46■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.67
RTL3Q8N8U3 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.45■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.43■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.42■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC25.41■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.41■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.39■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
RTL3Q8N8U3 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC25.37■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.34■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.34■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
RTL3Q8N8U3 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
RTL3Q8N8U3 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.9 ms