Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC28.95■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC28.92■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.91■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
HERVK_113P62684 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.88■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.87■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.86■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC28.85■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC28.85■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
HERVK_113P62684 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC28.82■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC28.81■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC28.81■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC28.8■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
HERVK_113P62684 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC28.76■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.76■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC28.75■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC28.75■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC28.72■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.19
HERVK_113P62684 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.1 ms