Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.88■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.87■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
HDAC4P56524 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.79■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.78■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
HDAC4P56524 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.76■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
HDAC4P56524 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
HDAC4P56524 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.9 ms