Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.86■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.86■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.85■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC25.83■■□□□ 1.73
PTPN9P43378 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 AGAP1-202ENST00000336665 5427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC25.81■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC25.81■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PTPN9P43378 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PTPN9P43378 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.7■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.7■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 CTF1-202ENST00000395019 1617 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
PTPN9P43378 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 49.6 ms