Protein–RNA interactions for Protein: P20585

MSH3, DNA mismatch repair protein Msh3, humanhuman

Predictions only

Length 1,137 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH3P20585 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH3P20585 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH3P20585 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
MSH3P20585 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH3P20585 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH3P20585 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
MSH3P20585 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH3P20585 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH3P20585 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH3P20585 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH3P20585 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH3P20585 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
MSH3P20585 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH3P20585 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH3P20585 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH3P20585 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH3P20585 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH3P20585 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH3P20585 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
MSH3P20585 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.52
MSH3P20585 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
MSH3P20585 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
MSH3P20585 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.57■■□□□ 1.52
MSH3P20585 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
MSH3P20585 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH3P20585 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH3P20585 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH3P20585 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH3P20585 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH3P20585 EIF5A-208ENST00000573542 1089 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH3P20585 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH3P20585 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
MSH3P20585 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
MSH3P20585 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSH3P20585 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSH3P20585 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
MSH3P20585 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSH3P20585 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSH3P20585 ABHD17AP3-201ENST00000503096 1137 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
MSH3P20585 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSH3P20585 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
MSH3P20585 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSH3P20585 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSH3P20585 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
MSH3P20585 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH3P20585 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH3P20585 PPAN-202ENST00000393793 1575 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH3P20585 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH3P20585 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH3P20585 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH3P20585 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
MSH3P20585 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH3P20585 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH3P20585 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH3P20585 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH3P20585 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH3P20585 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH3P20585 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
MSH3P20585 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH3P20585 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH3P20585 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
MSH3P20585 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH3P20585 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH3P20585 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH3P20585 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
MSH3P20585 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH3P20585 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH3P20585 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH3P20585 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH3P20585 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH3P20585 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH3P20585 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
MSH3P20585 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSH3P20585 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSH3P20585 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSH3P20585 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
MSH3P20585 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSH3P20585 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSH3P20585 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSH3P20585 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
MSH3P20585 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH3P20585 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH3P20585 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH3P20585 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
MSH3P20585 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH3P20585 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH3P20585 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH3P20585 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH3P20585 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH3P20585 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH3P20585 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH3P20585 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH3P20585 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
MSH3P20585 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSH3P20585 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSH3P20585 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSH3P20585 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSH3P20585 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSH3P20585 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSH3P20585 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 59.1 ms