Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC22.29■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
HOXD4P09016 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC22.24■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HOXD4P09016 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 GATA2-AS1-202ENST00000468377 1578 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
HOXD4P09016 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms