Protein–RNA interactions for Protein: Q8TE12

LMX1A, LIM homeobox transcription factor 1-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 382 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1AQ8TE12 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
LMX1AQ8TE12 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 ST7-202ENST00000323984 2142 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 ST7-207ENST00000393449 2127 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
LMX1AQ8TE12 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
LMX1AQ8TE12 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LMX1AQ8TE12 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
LMX1AQ8TE12 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.7 ms