Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC29.69■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.68■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC29.67■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.67■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.66■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.34
COL9A3Q14050 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.64■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
COL9A3Q14050 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC29.56■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 KCNJ4-201ENST00000303592 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
COL9A3Q14050 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC29.48■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.47■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC29.46■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC29.46■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.31
COL9A3Q14050 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC29.44■■■□□ 2.3
COL9A3Q14050 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC29.44■■■□□ 2.3
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