Protein–RNA interactions for Protein: A0A0J9YXS1

NPHP3-ACAD11, NPHP3-ACAD11 readthrough (NMD candidate) (Fragment), humanhuman

Predictions only

Length 232 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARPC2-201ENST00000295685 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SAE1-209ENST00000598840 1831 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.72■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.71■■■□□ 2.03
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC27.7■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.7■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.69■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.69■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC27.69■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC27.68■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC27.67■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 U2AF1L5-202ENST00000619610 813 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.66■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC27.64■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC27.64■■■□□ 2.02
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 WHAMMP3-201ENST00000611636 1609 ntBASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 ABHD12-202ENST00000376542 1725 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.5 ms