Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5I3

PCDHA1, Protocadherin alpha-1, humanhuman

Predictions only

Length 950 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHA1Q9Y5I3 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.09■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC29.08■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC29.08■■■□□ 2.25
PCDHA1Q9Y5I3 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC29.06■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.05■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC29.04■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC29.02■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC29.02■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
PCDHA1Q9Y5I3 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC28.99■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.99■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.98■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC28.98■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC28.98■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC28.97■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.96■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.96■■■□□ 2.23
PCDHA1Q9Y5I3 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC28.95■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.95■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.95■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC28.94■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC28.94■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC28.94■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC28.94■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.94■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC28.93■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC28.92■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.92■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.92■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.91■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC28.91■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC28.9■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC28.9■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.9■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC28.89■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC28.89■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.89■■■□□ 2.22
PCDHA1Q9Y5I3 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.88■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC28.88■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC28.88■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC28.87■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.86■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC28.86■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
PCDHA1Q9Y5I3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 249 ms