Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC27.62■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC27.61■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC27.6■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.6■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC27.58■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC27.58■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
PCIF1Q9H4Z3 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC27.55■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC27.53■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC27.53■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
PCIF1Q9H4Z3 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC27.5■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
PCIF1Q9H4Z3 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC27.44■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC27.4■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
PCIF1Q9H4Z3 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC27.38■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
PCIF1Q9H4Z3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms