Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 FAM149A-201ENST00000227065 2708 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
CCDC3Q9BQI4 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.48■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
CCDC3Q9BQI4 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
CCDC3Q9BQI4 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.37■■□□□ 1.49
CCDC3Q9BQI4 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms