Protein–RNA interactions for Protein: Q68DE3

USF3, Basic helix-loop-helix domain-containing protein USF3, humanhuman

Predictions only

Length 2,245 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF3Q68DE3 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC21.67■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC21.66■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC21.66■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.66■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.65■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC21.65■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC21.65■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
USF3Q68DE3 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
USF3Q68DE3 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
USF3Q68DE3 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC21.5■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
USF3Q68DE3 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms