Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
COPB1P53618 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COPB1P53618 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COPB1P53618 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC27.56■■■□□ 2
COPB1P53618 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
COPB1P53618 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC27.55■■■□□ 2
COPB1P53618 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.55■■■□□ 2
COPB1P53618 ZFP90-204ENST00000564323 560 ntTSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
COPB1P53618 ZFP90-219ENST00000611381 695 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COPB1P53618 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC27.55■■■□□ 2
COPB1P53618 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
COPB1P53618 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
COPB1P53618 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
COPB1P53618 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COPB1P53618 RASSF5-204ENST00000580449 1932 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
COPB1P53618 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
COPB1P53618 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COPB1P53618 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
COPB1P53618 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
COPB1P53618 RUNX2-203ENST00000371436 1588 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
COPB1P53618 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
COPB1P53618 CGGBP1-206ENST00000482016 1147 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
COPB1P53618 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
COPB1P53618 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■■□□ 2
COPB1P53618 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COPB1P53618 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
COPB1P53618 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
COPB1P53618 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC27.5■■□□□ 1.99
COPB1P53618 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
COPB1P53618 TOP1MT-208ENST00000519148 1868 ntTSL 2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
COPB1P53618 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COPB1P53618 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COPB1P53618 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
COPB1P53618 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COPB1P53618 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COPB1P53618 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COPB1P53618 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
COPB1P53618 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COPB1P53618 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC27.48■■□□□ 1.99
COPB1P53618 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
COPB1P53618 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COPB1P53618 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
COPB1P53618 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
COPB1P53618 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.46■■□□□ 1.99
COPB1P53618 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COPB1P53618 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
COPB1P53618 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
COPB1P53618 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC27.45■■□□□ 1.98
COPB1P53618 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COPB1P53618 NRG1-221ENST00000614767 762 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
COPB1P53618 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COPB1P53618 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
COPB1P53618 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
COPB1P53618 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
COPB1P53618 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COPB1P53618 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COPB1P53618 MAZ-208ENST00000563402 1461 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COPB1P53618 MAZ-210ENST00000566906 1455 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
COPB1P53618 RHOQ-201ENST00000238738 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COPB1P53618 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
COPB1P53618 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC27.41■■□□□ 1.98
COPB1P53618 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COPB1P53618 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COPB1P53618 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
COPB1P53618 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
COPB1P53618 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.39■■□□□ 1.98
COPB1P53618 CACNG6-202ENST00000346968 645 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COPB1P53618 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COPB1P53618 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
COPB1P53618 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COPB1P53618 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COPB1P53618 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COPB1P53618 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COPB1P53618 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COPB1P53618 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COPB1P53618 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COPB1P53618 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COPB1P53618 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COPB1P53618 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COPB1P53618 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COPB1P53618 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COPB1P53618 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COPB1P53618 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COPB1P53618 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COPB1P53618 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COPB1P53618 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COPB1P53618 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
COPB1P53618 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COPB1P53618 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COPB1P53618 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COPB1P53618 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COPB1P53618 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COPB1P53618 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COPB1P53618 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COPB1P53618 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COPB1P53618 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COPB1P53618 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COPB1P53618 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
COPB1P53618 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COPB1P53618 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.6 ms