Protein–RNA interactions for Protein: P0DPA3

SNHG28, Putative uncharacterized protein SNHG28, humanhuman

Predictions only

Length 235 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SNHG28P0DPA3 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC29.39■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SNHG28P0DPA3 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SNHG28P0DPA3 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.27■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC29.27■■■□□ 2.28
SNHG28P0DPA3 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC29.26■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.26■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC29.25■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC29.25■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC29.24■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.24■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.22■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC29.21■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
SNHG28P0DPA3 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 ANKRD9-205ENST00000560748 1413 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.2■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC29.2■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC29.19■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC29.18■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC29.17■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
SNHG28P0DPA3 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23 ms