Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUL7

DDX28, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX28, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 540 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX28Q9NUL7 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 NMB-201ENST00000360476 1007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 RPS2P35-201ENST00000443417 897 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC22.79■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
DDX28Q9NUL7 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC22.73■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
DDX28Q9NUL7 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 MISP3-202ENST00000587086 1535 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC22.67■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 RCC1L-205ENST00000618035 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 TSEN34-203ENST00000396388 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 AP002884.3-203ENST00000419895 1711 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 TERF2-207ENST00000567296 1129 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 COQ2-202ENST00000311469 1641 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
DDX28Q9NUL7 TXNL4A-210ENST00000591711 669 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 GTF3C4-202ENST00000483873 1417 ntTSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 PSMG4-202ENST00000380305 489 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 NAA50-207ENST00000493900 962 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
DDX28Q9NUL7 KLC2-205ENST00000394078 1557 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.8 ms