Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC3Q9BQI4 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC3Q9BQI4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC3Q9BQI4 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC3Q9BQI4 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CCDC3Q9BQI4 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.9 ms