Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.41■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC29.41■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
TRERF1Q96PN7 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC29.35■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.35■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
TRERF1Q96PN7 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC29.32■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.28■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC29.28■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.27■■■□□ 2.28
TRERF1Q96PN7 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC29.26■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC29.25■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC29.25■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC29.24■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC29.23■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC29.23■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC29.23■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.22■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.21■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC29.21■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.27
TRERF1Q96PN7 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.2■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC29.19■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC29.19■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.19■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC29.18■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 NRXN1-228ENST00000628364 2444 ntTSL 5 BASIC29.17■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC29.16■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC29.16■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC29.15■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.14■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
TRERF1Q96PN7 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC29.13■■■□□ 2.25
TRERF1Q96PN7 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.13■■■□□ 2.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.9 ms