Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 SMDT1-201ENST00000331479 1567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 AC004080.1-201ENST00000523608 757 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 EI24-212ENST00000615917 1407 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 DOCK5-202ENST00000410074 786 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 AC087741.3-201ENST00000624270 1347 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
CLIP4Q8N3C7 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 CAPNS1-217ENST00000629983 799 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 MTNR1A-201ENST00000307161 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC23.48■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CLIP4Q8N3C7 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 SMIM12-205ENST00000456842 918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 COX4I1-203ENST00000562336 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 UBE2A-207ENST00000628549 934 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 FBXO45-201ENST00000311630 5899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 HDAC11-206ENST00000405025 576 ntTSL 4 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 VEGFA-207ENST00000413642 1197 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 AP000911.1-206ENST00000531938 711 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
CLIP4Q8N3C7 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 SRSF9-201ENST00000229390 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 RP9P-201ENST00000381639 1303 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 AC044849.2-201ENST00000606596 710 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 AC104109.3-201ENST00000519718 483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CLIP4Q8N3C7 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.5 ms