Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC34.32■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC34.32■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC34.32■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 ANGPTL6-201ENST00000253109 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC34.32■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC34.31■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC34.3■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.3■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.29■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC34.29■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.29■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.28■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 UBP1-201ENST00000283628 2074 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC34.28■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 MBOAT7-202ENST00000338624 2076 ntTSL 2 BASIC34.27■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.27■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC34.27■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC34.26■■■■□ 3.08
HOXC9P31274 DPF1-204ENST00000416611 2341 ntTSL 5 BASIC34.25■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.24■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.24■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC34.23■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.23■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.22■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.22■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC34.21■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.07
HOXC9P31274 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC34.2■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC34.19■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC34.18■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC34.18■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.17■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC34.17■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC34.17■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC34.16■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC34.16■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC34.16■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC34.15■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC34.15■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC34.14■■■■□ 3.06
HOXC9P31274 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC34.13■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC34.13■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 TAZ-215ENST00000612460 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.13■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC34.12■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC34.11■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC34.1■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC34.1■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC34.1■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.09■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC34.09■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 PHF23-201ENST00000320316 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.08■■■■□ 3.05
HOXC9P31274 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC34.07■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.06■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC34.05■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC34.05■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC34.04■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.04■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.04■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC34.03■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC34.03■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.03■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC34.02■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34.01■■■■□ 3.04
HOXC9P31274 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC34.01■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC34.01■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC34.01■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC34■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.99■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.99■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 RAMP2-AS1-202ENST00000589716 1985 ntTSL 5 BASIC33.99■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC33.98■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC33.97■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.97■■■■□ 3.03
HOXC9P31274 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC33.97■■■■□ 3.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 162.6 ms