Protein–RNA interactions for Protein: P22415

USF1, Upstream stimulatory factor 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USF1P22415 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
USF1P22415 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC21.44■■□□□ 1.02
USF1P22415 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF1P22415 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF1P22415 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF1P22415 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
USF1P22415 CHPT1-205ENST00000549872 2001 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF1P22415 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF1P22415 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF1P22415 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF1P22415 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF1P22415 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF1P22415 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
USF1P22415 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF1P22415 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF1P22415 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF1P22415 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF1P22415 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF1P22415 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
USF1P22415 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USF1P22415 HSD11B1L-202ENST00000339423 1660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USF1P22415 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USF1P22415 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
USF1P22415 LDB1-202ENST00000425280 2089 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USF1P22415 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
USF1P22415 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
USF1P22415 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USF1P22415 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
USF1P22415 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
USF1P22415 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
USF1P22415 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USF1P22415 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USF1P22415 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USF1P22415 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF1P22415 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF1P22415 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF1P22415 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF1P22415 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF1P22415 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF1P22415 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF1P22415 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF1P22415 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
USF1P22415 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USF1P22415 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USF1P22415 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USF1P22415 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USF1P22415 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USF1P22415 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC21.36■■□□□ 1.01
USF1P22415 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USF1P22415 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USF1P22415 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USF1P22415 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USF1P22415 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USF1P22415 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USF1P22415 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USF1P22415 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USF1P22415 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USF1P22415 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
USF1P22415 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USF1P22415 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USF1P22415 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USF1P22415 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC21.32■■□□□ 1
USF1P22415 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USF1P22415 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USF1P22415 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC21.31■■□□□ 1
USF1P22415 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USF1P22415 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USF1P22415 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USF1P22415 GAL3ST1-205ENST00000406361 1819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.3■■□□□ 1
USF1P22415 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USF1P22415 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
USF1P22415 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USF1P22415 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
USF1P22415 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USF1P22415 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USF1P22415 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USF1P22415 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.29■■□□□ 1
USF1P22415 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC21.29■■□□□ 1
USF1P22415 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USF1P22415 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC21.28■■□□□ 1
USF1P22415 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USF1P22415 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.28■■□□□ 1
USF1P22415 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC21.27■■□□□ 1
USF1P22415 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.27■■□□□ 1
USF1P22415 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.27■■□□□ 1
USF1P22415 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC21.27■■□□□ 1
USF1P22415 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC21.26■□□□□ 0.99
USF1P22415 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USF1P22415 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USF1P22415 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.26■□□□□ 0.99
USF1P22415 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF1P22415 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF1P22415 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF1P22415 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF1P22415 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF1P22415 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF1P22415 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.25■□□□□ 0.99
USF1P22415 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC21.24■□□□□ 0.99
USF1P22415 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
USF1P22415 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.24■□□□□ 0.99
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.5 ms